据央视新闻报道 2019年12月30日，吉林省松原市中级人民法院公开开庭审理中国工程院院士、中国农业大学教授李宁及张磊贪污一案。
公诉机关指控：被告人李宁系中国农业大学教授，担任中国农业大学农业生物技术国家重点实验室主任、中国农业大学生物学院李宁课题组负责人，还担任多项国家科技重大专项课题负责人。被告人张磊系中国农业大学农业生物技术国家重点实验室特聘副研究员、科技部多项课题负责人。被告人李宁同张磊利用其管理课题经费的职务便利，自2008年7月至2012年2月期间，采取侵吞、骗取、虚开发票、虚列劳务支出等手段，贪污课题科研经费共计人民币3756万余元。上述款项被李宁、张磊转入李宁实际控制的公司占为己有，并投资其他多家公司。
庭审中，公诉机关出示了同案被告人张磊的供述、证人证言以及用于套取科研经费的虚假合同、发票等书证，还出示了司法会计鉴定书等。李宁、张磊及辩护人进行了质证。控辩双方在法庭主持下充分发表了意见。李宁对指控的犯罪事实进行辩解，张磊当庭表示认罪悔罪。李宁、张磊还进行了最后陈述。
被告人李宁、张磊的近亲属、人大代表、政协委员、专家学者、媒体记者及普通群众40余人旁听了庭审。庭审全程通过松原市中级人民法院官方新浪微博进行了直播。
1月2日吉林省松原市中级人民法院作出一审判决：以贪污罪判处李宁有期徒刑12年，并处罚金300万；以贪污罪判处张磊有期徒刑五年八个月，并处罚金20万元。
该案审判长答记者问时说：李宁虽然拒不认罪，但检察机关出示了大量的证据，有同案被告人张磊明确稳定的供述，有李宁公司两名报账员以及其他多名证人证言，亦有套取经费的相关书证等，证据之间均可相互印证，而且与司法会计鉴定意见相吻合。
3日公开的判决书，呈现出了上述庭审情况。检方指控，李宁有三方面违法犯罪行为。
其一，贪污实验受体猪、牛等款项10179201.86元。据判决书：自2008年7月至2012年2月期间，相关课题在研究过程中利用科研经费购买了实验所需的猪、牛，对出售课题研究过程中淘汰的实验受体猪、牛、牛奶所得款项，被告人张磊向李宁请示如何处理。李宁指使张磊将该款项交给报账员欧某甲、谢某甲账外单独保管，不要上交。欧某甲、谢某甲遂将该款存入个人银行卡中，累计金额为人民币10179201.86元。
其二，套取课题结余科研经费25591919.00元。据判决书：2008年8月，被告人张磊向李宁请示：课题经费有结余，是否可以将这些资金套取出来。李宁表示同意，同时要求联系可靠的熟悉的大公司进行运作。张磊遂联系山东科龙畜牧产业有限公司、北京市益德益华科技发展有限公司、北京优博基因科技有限公司、北京东方泰合科技有限公司等公司，李宁亦联系遂川嘉裕牧业开发有限公司、江西英雄乳业股份有限公司，商谈虚开发票事宜。在上述公司同意并将虚开的发票交给张磊后，张磊指使报账员欧某甲、谢某甲从结余的科研经费中予以报销。至2011年12月，共套取课题结余科研经费共计人民币25591919.00元。
其三，虚报劳务费支出6212248.51元。据判决书：2009年7月，被告人张磊向李宁请示：课题经费中的劳务费均有结余，应如何处理；同时报账员欧某甲亦向李宁请示如何处理结余的劳务费。李宁表示将多余的劳务费都报出来，不要上交。之后，被告人张磊指使欧某甲、谢某甲采取提高个人劳务费额度和虚列劳务人员的方法，共计虚报劳务费支出人民币6212248.51元。检方提出：上述款项中，有4416880.82元用于合理支出，其余均被被告人个人使用。现已扣押人民币19056129.00元，冻结人民币5220000.00元。
对于上述检方指控，李宁及其辩护人提出了10个辩护意见。法院审理后，采纳了检方的指控，李宁及其辩护人的辩护意见均未被采纳。
第一个辩护意见，李宁及其辩护人提出，涉案牛场、猪场、牛、猪、资金都不是中国农业大学的，而是济普霖公司、济福霖公司所有，公司成立就是为了科研，没有其他经营，就是在扶持这个科研任务；猪、牛不断淘汰，收入都用在了科研上，而且普通猪、牛和重大专项没有关系，故不存在截留淘汰猪、牛及牛奶钱款。（注：法院查明，由李宁、张磊分别担任总经理、副总经理的济普霖公司、济福霖公司作为其中某些课题的协作单位，也承担某些课题）法院认为：证人欧某甲、谢某甲（即两名报账员）等多名证人均证明涉案猪、牛、牛奶均系用课题经费购买，实验后变卖钱款应上交原拨款单位，与张磊的供述相互印证，足以认定；欧某甲证言证明是李宁指使将淘汰的猪、牛及出售牛奶钱款交给其二人账外账单独保管，不要上交，被告人张磊供述亦能证明相同内容，并有证人谢某甲等证言和相关书证、鉴定意见予以佐证，足以认定截留淘汰猪、牛及牛奶钱款的事实，李宁及其辩护人的此点辩解、辩护意见不成立。
第二个辩护意见，李宁及其辩护人提出：张磊向几个公司虚开发票套取课题经费李宁并不知情，李宁联系的两个公司并没有虚开发票，是正常的科研任务。审计署告诉李宁上述行为是造成科研经费监管风险，不是贪污。法院认为：张磊供述是张磊向李宁请示能否将结余的课题经费套取出来，李宁表示同意并要求联系可靠的熟悉的大公司进行运作，李宁本人亦联系了遂川嘉裕公司与英雄乳业公司商谈虚开发票事宜；证人欧某甲证言亦证明其曾向李宁请示剩余课题经费如何处理，李宁让将这些钱款预付出去，具体如何处理让其找张磊，后又让张磊将这些钱款拿回来，这些钱款的来源与去向其都向李宁汇报过，套取经费的事李宁都知道；张磊供述与欧某甲证言能够相互印证，并有向张磊、李宁虚开发票的相关人员的证人证言及书证予以佐证，足以认定，李宁及其辩护人的此点辩解、辩护意见不成立。
第三个辩护意见，李宁及其辩护人提出：张磊并没有向李宁请示结余劳务费如何处理，虽然欧某甲说过这个问题，但李宁仅说劳务费要掌握一个原则，不要吃大锅饭，并不是李宁指使虚报劳务费，也不存在虚报劳务费的情况。法院认为，证人欧某甲证言与被告人张磊供述一致，证明二人向李宁请示结余劳务费如何处理，李宁让将结余的劳务费都报出来，不要上交，足以认定，李宁及其辩护人的此点辩解、辩护意见不成立。
第四个辩护意见，李宁及其辩护人提出，济普霖公司、济福霖公司是根据与中国农业大学签订技术开发合同取得的科研经费，经费应归公司所有。法院认为，根据相关课题经费的管理使用规定，被告人张磊的供述和中国农业大学的领导、中国农业大学科研人员、报账员的证言，均一致证明，科研经费必须按规定使用，按真实发生的费用到中国农业大学财务部门实报实销，故课题经费并非归公司所有。
第五个辩护意见，李宁及其辩护人提出，侦查卷宗39至55卷中相关的公司材料，侦查人员最初没有扣押手续将材料拿走，后又将材料拿回公司让欧某甲盖章，程序严重违法，不能作为定案的根据。法院认为，侦查卷宗39卷至55卷的证据材料，均系有济普霖公司主要财务人员欧某甲、谢某甲签字确认与原件一致并盖有单位公章的复印件，收集证据并不违法。
第六个辩护意见，李宁及其辩护人提出，鉴定意见没有分清涉案的猪和牛是中国农业大学的还是公司的；鉴定所需检材来源不合法；本案的鉴定人没有鉴定过程实时记录，属程序违法；鉴定文书没有加盖司法鉴定专用章，也没有鉴定人签名，不能作为定案的根据。法院认为，涉案猪、牛是中国农业大学的还是公司的，并不属于鉴定事项，鉴定所需检材均系侦查机关合法取得，鉴定过程中所作记录并不属鉴定意见的内容，公诉机关提起公诉时提供给法庭的司法会计鉴定书首页加盖有鉴定机构的司法鉴定专用章，尾页盖有带编号的鉴定人名章，李宁及其辩护人的此点辩解、辩护意见无事实和法律根据，其辩解、辩护意见不成立。
第七个辩护意见，李宁及其辩护人提出，证人欧某甲和谢某甲证言均不真实，是在被非法拘押的情况下作出的，欧某甲的证言不可能在这么短的时间内形成，不能作为定案的根据。法院认为，欧某甲和谢某甲证言与被告人张磊供述相互印证，并有相关证人证言和书证予以佐证，足以证明其证言的真实性，欧某甲和谢某甲证言系侦查人员经过合法程序调查，证言笔录亦经欧某甲、谢某甲签字确认，李宁及其辩护人的此点辩解、辩护意见不成立。
第八个辩护意见，李宁及其辩护人提出，张磊供述中指证李宁有罪的内容是在受到威胁的情况下所作，不能作为定案的根据。法院认为，经查，张磊在庭前会议和庭审中均明确表示侦查机关讯问其时没有刑讯逼供，也没有其他违法行为，足以确认侦查机关收集证据合法，李宁及其辩护人的此点辩解、辩护意见不成立。
第九个辩护意见，李宁的辩护人提供李宁与李某丙、汤某甲、张磊的手机短信，李宁的日记《蛇年第一篇》《马年第一篇》《李宁思考再思考的心灵告诫》和《四风问题自我剖析及整改材料》《中国农业大学科技研究院关于李宁科研工作及成果情况的说明》及李宁2012年3月18日发给审计署郭处长的邮件和张磊的检讨、济普霖公司关于罢免张磊副总经理的决定，据此提出李宁对指控的犯罪事实并不知情。法院认为，经查，上述材料均系2012年李宁被审计署审计后所写及根据审计出的问题对张磊所作的处理，并不能证明李宁对指控的事实不知情。
第十个辩护意见，李宁及其辩护人提出，本案的发生与当时科研经费管理制度不合理密切相关，以及根据2014年国务院《关于改进加强中央财政科研项目和资金管理的若干意见》、2016年最高人民检察院《关于充分发挥检察职能，依法保障和促进科技创新的意见》，李宁的行为不构成犯罪。法院认为，经查，李宁伙同张磊经共同预谋后，利用李宁职务上的便利截留、虚报科研经费存入李宁控制的个人银行卡，并由李宁个人支配，其中大部分用于李宁个人或其控股的公司再投资设立其他公司，还有少部分作为济普霖公司、济福霖公司的营业收入，或滞留在为李宁、张磊虚开发票的人或公司及欧某甲、谢某甲等个人银行卡中，并未结转下一年继续使用或由单位统筹安排用于科研活动。且上述钱款在中国农业大学已平账，中国农业大学已失去控制，已成为李宁控股或控制公司的法人财产，即已将国有财产非法占为己有，其行为已构成贪污罪。2014年之后国家政策虽然不断在进行调整，但都是为了更有利于科研，更有利于对科研经费的监督管理，前述国务院规定和最高人民检察院的文件，虽然规定年度资金可以结转下一年度继续使用，项目结题后，符合条件的可以由单位统筹安排用于科研活动的直接支出不再收回，但同时也规定要加大对违法行为的惩处力度，加强对科研项目和资金的监管，严肃处理违规行为，涉及违法犯罪的移交司法机关处理；对于以科技创新为名骗取套取国家科研项目投资，严重危害创新发展的犯罪，应当依法打击。故无论是当时还是之后的法律、法规、规章、国家政策和司法解释，李宁的行为都构成贪污罪。
法院最终认定，李宁、张磊贪污数额为人民币34109933.18元，在共同犯罪中，李宁起主要作用，系主犯，应依法惩处，鉴于其贪污赃款已部分追缴，可酌情从轻处罚。张磊起次要作用，系从犯，其到案后主动交待办案机关不掌握的大部分同种犯罪事实，具有坦白情节，且认罪悔罪，可依法对其减轻处罚。
